同時に普請できる砦に、制限はありますか？

はい。制限数はございます。
仕様上、普請のために移動中の部隊は最大3つしか存在できません。
また、この仕様はあくまでも移動中の部隊を制限するため、
到着後に普請を開始した部隊はこの仕様に制限されません。