甲陽軍鑑の覚醒スキル無効は、守護霊スキルも含まれますか？

はい。

覚醒スキルは以下を指しております。

・6重の覚醒により獲得された補正
・覚醒後に装備される守護霊の補正

・覚醒後に装備される守護霊のスキル