霊棘の面の効果について、この追加ダメージは交戦における貫通・非貫通の割合に応じて、貫通ダメージを与えるものですか。

はい。
ダメージが発生される際は、その都度にダメージ計算とダメージ判定が行われます。そのため、この追加ダメージは通常通りに計算、判定されます。
※必ず貫通ダメージになるには限っておりません。